68
2023-12-27 15:341999年3月，时任院长张仁厚已满退休年龄且任期届满（1999年1月届满），但由于企业工作需要，经中港总公司同意延任2年至2001年1月。
2001年2月，张仁厚延任届满后，中港总公司决定副配誉院长吴爱清主持院行政工作；决定调时任中港第二航务工程局纪委书记张华松任院党委书记；党委副书记袁宗喜兼任院纪委书记；免去张居正党委书记、江树学副院长、许功林纪委书记职务。
2001年9月，中港总公司决定吴爱清任二航院院长。
2003年2月，党委书记张华松调任广州航道局党委书记，中港总公司党委决定，任命袁宗喜任二航院党委书记，中港总公司同时决定，袁宗喜兼任副院长职务；任命时任党委委员、工会主席张清萍为院党委副书记兼纪委书记；决定时任院综合设计公司副经理周用华任副院长，增补为党委委员。
鉴于副院长兼总工程师胡小容已到退休年龄，2004年1月，中港总公司决定，时任副总工程师王晋任院总工程师，并增补为党委委员。至此，经过三年的平稳过渡，到2004年1月，一个开拓进取，团结务实，结构合理，年轻、有朝气的班子正式形成，从而为二航院进入快速发展期奠定了坚实的基石。
2005年12月18日，由原中国港湾建设（集团）总公司和原中国路桥（集团）总公司合并重组而成的中国交通建设集团有限公司正式揭牌，中交第二航务工程勘察设计院隶属中交集团领导，单位名称不改，领导职务不变。亮脊
2006年6月26日，中交集团临时党委下发中交党组任免字[2006]26号文件：成立中共中交第二航务工程勘察设计院有限公司委员会，由袁宗喜、吴爱清、张清萍、彭亮星、周用华、王晋组成，袁宗喜任党委书记，吴爱清、张清萍任党委副书记。成立中共中交第二航务工程勘察设计院有限公司纪律检查委员会，张清萍任纪委书记。成立中交第二航务工程勘察设计院有限公司工会，张清萍任工会主席。
2006年10月8日，经国务院批准，成立中国交通建设股份有限公司。2006年10月20日，作为中国交通建设股份有限公司子公司－中交第二航务工程勘察设计院有限公司在武汉市工商管理局登记注册。原中交第二航务工程勘察设计院正式更名为中交第二航务工程勘察设计院有限公司。中交第二航务工程勘察设计院党委、纪委、工会撤销，原党委、纪委、工会领导正式履新。根据中国交通建设股份有限公司关于中交第二航务工程勘察设计院有限公司董事长、副董事长、总经理、副总经理、总工程师的人选建议，中交第二航务工程勘察设计院有限公司第一届董事会第一次会议决议，吴爱清任董事长兼总经理，袁宗喜任副董事长，彭亮星、周用华任副总经理，王晋任总工程师。根据中国交通建设股份有限公司关于中交第二航务工程勘察设计院有限公司监事会人选建议，中交第二航务工程勘察设计院有限公司第一届监事会第一次会议决议，张清萍任监事会主席。
2008年9月1日，根据中国交通建设股份有限公司关于中交第二航务工程勘察设计院有限公司总会计师的人选建议和中交第二航务工程勘察设计院有限公司第一届董事会第五次会议决议，罗来高任中交第二航务工程勘察设计院有限公司总会计师。同时，根据中国交通建设股份有限公司党委任免通知，增补罗来高为党委委员。
10年来，二航院始终坚持“以水运工程为核心，以水运工程勘察设计、路桥工程勘察设计和工程总承包三大主业为重点，以技术、质量、服务为支撑，以延长产业链为方向，坚持固守与拓展相结合，大力实施“借船出海”的经营策略。面对市场竞争主体的多元化，多练内功，盯住市场，抢抓机遇，以业主为关注焦点，开展战略经营，增强市场竞争力。
2007年，二航院新签合同额是1999年的12倍，利润总额是1999年的40倍，职工人均收入是1999年的7倍。
10年来，二航院高度重视吸收国内外先进技术并积极将国内外先进科学技术成果应用于工程勘察、设计、施工，建设成功了多类具有现代化水平的港口码头，多项技术为国家首创。获全国优秀设计表扬奖、金质奖、银质奖、国家科技进步奖、部省级优秀设计奖、国家重点科技攻关成果奖100余项。
10年来，二航院先后共投入资金2500多万元，用于购置和完善生产技术装备。建立了完善的应用软件体系，自主开发了配套的生产管理系统，逐步编制了二航院产品系列企业标准。采用先进的核心交换机、超级小型机服务器、以及刀片式服务器、磁盘阵列和海量磁带机等设备建立的网络敬卖渗办公系统已具备了“技术质量管理”、“行政管理”、“费用管理”、“设计任务管理”、“固定资产管理”和“人力资源管理”等多项管理功能，使各项管理工作程序化，提高了工作效率，做到了信息交流和资源共享，二航院已成为具备自有创新核心竞争能力的数字化现代企业。
10年来，二航院坚持两个文明建设协调发展的战略原则，坚持不懈的开展文明单位创建活动，以人为本，努力塑造良好的职工形象，产品形象、服务形象、管理形象、技术形象。先后荣获区级、市级、省级、省级最佳文明单位称号，并已连续保持省级最佳文明单位称号16年，连续8届被建设部评为中国勘察设计综合实力百强单位，连续四届被评为中国工程设计企业ENR60强，从而赢得了社会的信赖和赞赏。
50年的发展，二航院本着“争先重义”企业精神，靠经营方式国际化、服务范围多元化、技术装备现代化、项目管理科学化，从创建零起步逐步演变发展成为具有多项甲级资质的综合勘察设计单位，业务范围拓展到岩土工程、工程咨询、港航设计、路桥设计、建筑设计、环境评价、工程监理、工程总承包和工程项目管理等领域。业务顾客由原单一交通港航部门拓展到石油、化工、钢铁、煤炭、有色金属、建材水泥、电力等部门。二航院50年的历史，是一个艰苦创业，开拓进取的历史，二航院人有一种勇于改革，敢于拼搏，善于经营和无私奉献的精神，使企业获得了持续稳定健康的发展。这种精神值得代代相传，永远发扬光大。
二航院人决心站在新的历史起点上，坚持创新思维，坚持科学的发展观，团结奋进，乘势而上，要按工程公司的模式把公司打造成国内一流，行业领先的企业。